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深入了解生物大分子的新路徑

2021-01-18 15:59:58
由德國馬克斯·普朗克物質(zhì)與結(jié)構(gòu)動力學(xué)研究所的Kartik Ayyer領(lǐng)導(dǎo)的一個國際科學(xué)家團(tuán)隊,獲得了金納米粒子最清晰的3D圖像,這一結(jié)果為高分辨率大分子圖像的獲取奠定了基礎(chǔ)。該研究是在歐洲XFEL的單粒子,團(tuán)簇和生物分子與系列飛秒晶體學(xué)(SPB / SFX)儀器上進(jìn)行的,研究結(jié)果已在Optica上發(fā)表。
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結(jié)構(gòu)選擇后,將多個快照組合得到的八面體納米粒子的三維衍射圖

Credit: Kartik Ayyer and Joerg Harms, Max Planck Institute for the Structure and Dynamics of Matter


碳水化合物,脂肪,蛋白質(zhì)和核酸都是大分子,它們存在于我們的細(xì)胞中,對生命至關(guān)重要。了解這些大分子如何工作的關(guān)鍵在于了解有關(guān)其結(jié)構(gòu)的詳細(xì)信息。該團(tuán)隊使用了金納米顆粒作為生物分子的替代品,測量了1000萬個衍射圖樣,并使用它們生成了史上最高分辨率的3D圖像。金粒子比生物樣品散射的X射線要多得多,因此可以成為良好的測試樣品。他們能夠提供更多的數(shù)據(jù),這對于隨后可用于生物分子的微調(diào)方法很有用。

 

“用于獲得生物分子高分辨率圖像的技術(shù)包括X射線晶體學(xué),這要求將生物分子結(jié)晶,這不是一個容易的過程,或者是用于冷凍分子的冷凍電子顯微鏡,” Ayyer說。X射線自由電子激光的出現(xiàn)打開了單粒子成像(SPI)的大門,該技術(shù)有可能在室溫下提供生物分子高分辨率圖像,而又不需要結(jié)晶。這意味著可以研究更接近其原始狀態(tài)的生物分子,例如,可以更好地了解它們在我們體內(nèi)的結(jié)構(gòu)和功能。

 

“但是,SPI仍然存在兩個障礙:收集足夠的高質(zhì)量衍射花樣并正確分類生物分子的結(jié)構(gòu)變異性。我們的工作表明,這兩個障礙都是可以克服的?!彼a充道。“即使在最好的情況下,以前的SPI實驗也只能產(chǎn)生約數(shù)萬個衍射圖像。但是,要獲得與結(jié)構(gòu)生物學(xué)相關(guān)的分辨率,研究人員需要10到100倍以上的的衍射圖?!?Ayyer解釋說。由于歐洲XFEL的獨特能力,即每秒大量的X射線激光脈沖(也稱為重復(fù)頻率)和高的脈沖能量,我們團(tuán)隊能夠在一個5天的實驗內(nèi)收集1000萬個衍射圖樣。同時他提到 “這么多的數(shù)據(jù)是前所未有的,我們相信我們的實驗為該領(lǐng)域的未來設(shè)定了范本。

 

為了克服生物分子結(jié)構(gòu)變異的障礙,即處理每個彼此之間略有不同的粒子的快照,研究小組使用了他們開發(fā)的一種特殊算法。衍射圖樣是由類似于快速X射線照相機(jī)的二維探測器收集的。然后,一種算法對數(shù)據(jù)進(jìn)行排序,讓研究人員能夠重建生物分子的圖像。“我們使用了自適應(yīng)增益積分像素探測器(AGIPD)的功能,該功能使我們能夠以很高的速率捕獲圖像。然后,我們使用定制的算法收集并分析了數(shù)據(jù),以獲得有史以來分辨率最高的圖像?!? Ayyer說。

 

SPB / SFX研究小組的首席科學(xué)家Adrian Mancuso說:“這項研究真正利用了我們設(shè)備的高重復(fù)頻率,快速成幀的探測器以及有效的樣品傳輸?shù)莫毺匦阅堋_@表明,將來歐洲XFEL在探索未結(jié)晶的室溫生物分子的'視覺'極限方面處于有利地位?!?/span>


參考信息:https://www.xfel.eu/news_and_events/news/index_eng.html?openDirectAnchor=1848&two_columns=0


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